学校办公室下设5个职能科室，另有驻京办事处，校友总会秘书处，校学术委员会秘书处、信息化建设管理办公室挂靠学校办公室。

1.秘书科
    校内呈文、校外来文（含机要文件）和学校发文的归口管理，包括收文、传阅、分办、核稿、缮印、归档、清退、销毁、保密等工作；起草重要文稿和领导讲话；校领导日常公务活动安排及学校会议安排；党委常委会、校长办公会、校务委员会决定事项的分解和督查工作，编辑校长办公会议纪要；协助推进办公自动化工作；编印学校简报和大事记；编辑学校年鉴；学校动态信息的收集、整理、上报。

2.综合科
    学校大型会议、活动的组织工作，学校值班安排； 学校行政事务及接待工作；学校对内、对外协调和联络工作，参与和推进学校与地方政府建立合作关系。

3.信息化建设与统计办公室
    信息化建设管理；校内各种数据的统计上报；编印学校教育统计信息简报；各种统计资料归档等工作。

4.来信来访办公室
    接待处理来信来访、校长信箱、安排校领导接待日；

5.学校保密办公室

挂靠单位

1校友总会秘书处
　　华中科技大学校友总会秘书处是华中科技大学校友总会的办事机构，挂靠学校办公室，由常务副秘书长主持日常工作。其主要职责为：组织实施年度工作计划，联络各地校友，召开年度理事会会议，负责经费的筹集和管理，编印会刊以及其他日常事务处理。

2.校学术委员会秘书处
　　负责学术委员会的日常工作(内外联系、会议记录、资料整理等)和主任交给的其它任务。

3.信息化建设管理办公室
　　学校信息资源的整合；信息平台建设和信息资源开发利用；信息化建设项目设计和开发；信息安全管理、信息工程立项、主要设备维护等。

4.驻京办事处